Funactional Mathematicianのブログ

数学(含む、統計学)で考えていることや、PC(特にMac)のTipsについてのメモの集合です。本blogに書かれている内容は、記事を書いた時点での僕の知識や調査によるものです。そのため、僕の不勉強による間違いや勘違いなどが書かれていることもあり得ます。記事の内容の真偽について、ご自身できちんと確かめて下さいますようよろしくお願いいたします。また、不適切な表現や間違えについては、ご指摘頂けると助かります。 (なお、記事の内容は、所属機関を代表するものではなく、僕個人の見解です。)

[お知らせ]学術変革領域研究(B)『シナジー創薬学』のNewsletter01

昨年度が初めての公募であったJSPS科研費学術変革領域研究では,Newsletterを発行するのが通常のようです.

僕が参画している「学術変革領域研究(B)『シナジー創薬学』」でも,6月にNewsletter01を発行しました. 僕も少しだけ記事を書いています.

僕の周りで,もし欲しいよ!と言う方がおりましたら,ご連絡ください. 印刷版がいくつか手元にありますので,お送りいたします.

latexファイルのwordファイルへの変換

はじめに

僕は、論文を始めとする文書の作成はほとんどLaTeXで行っています*1。 しかし、英文校正をはじめとしwordファイルとして提出しなければならないことがたまにあります。 .texを.docxに変換する方法はいくつかありますが、いろいろ思考錯誤し、現状ではpandocを用いる方法に落ち着いています。

pandocとは

pandocは、いろいろなファイル形式間の変換をコマンドラインベースで行うものです。 pandocの公式サイトはこちらです。 公式サイトを見ますと、いろいろなファイル形式に対応していることがわかります。

インストールはMacの場合は、homebrewで行う方法が簡単だと思います*2

brew install pandoc

pandocによる.texから.docxへの変換

pandoc hogehoge.tex -o hogehoge.docx

上記コマンドで、簡単にlatexファイルをwordファイルに変換できますが、引用文献がきちんと表示されません。

そこで、まず引用文献のスタイルファイルであるcslファイルを準備します*3。 自分でcslファイルを作ることも可能だとは思いますが、文献管理ソフトウェアzoteroのレポジトリからjournalを検索してダウンロードする方法が簡単です。 ちなみに僕は、Applied Mathematics Lettersのスタイルをよく使っています。

cslファイルを作業ディレクトリか、ホームディレクトリに保存したうえで、次のコマンドを実行することで引用文献リストも変換されます。

pandoc --bibliography mybibfile.bib --citeproc --csl applied-mathematics-letters.csl hogehoge.tex -o hogehoge.docx

wordファイルテンプレートreference.docxを事前に作成して、次のコマンドを実行することで、より細かいレイアウトを実現できまるようです。 僕はそこまではやっていません。

pandoc --bibliography mybibfile.bib --citeproc --csl applied-mathematics-letters.cs -t docx --reference-docx=reference.docx hogehoge.tex -o hogehoge.docx

この方法でおおむね僕の需要は満たしているのですが、唯一、数式の参照がうまくいっていません。 wordファイル上で数式の参照は、latexの参照キーがそのまま表示されてしまいます。 参照元の数式のナンバリングがpandocでは実現できないので、この点ができるようになれば、完璧です。

*1:数学系の方はそういう方が多いのではないでしょうか?

*2:2021-03-29時点で、ARM 版 Homebrewには対応してなさそうですが。

*3:clsファイルではありません!要注意です!

biblatexでの数学系スタイル

bibtexでは数学系のスタイルとしてamsrefsがありますが.biblatexでは似たようなスタイルは(僕が調べた限り)デフォルトではなさそうです. biblatexで数学系のスタイルを使いたい場合には,biblatex-mathを利用されてもらうのが簡単で良さそうです.*1

ダウンロードとインストール方法

git clone https://github.com/konn/biblatex-math 
cd biblatex-math
cp -r tex/latex/* /usr/local/texlive/2020/texmf-dist/tex/latex/ 

*2

利用方法

% プリアンブル(\begin{document}よりも前)に
\usepackage[backend=biber, bibstyle=math-numeric]{biblatex} %referenceのリストを[1], [2], ...としたい場合
\usepackage[backend=biber, bibstyle=math-alphabetic]{biblatex} %referenceのリストを著者名の一部としたい場合

\addbibresource{hogehoge.bib}

・・・

\begin{document}

・・・

%referenceを表示したいところに
\printbibliography[title=参考文献] % オプテョン[title=*****]で,referenceリストのtitleを*****に変更できる.

・・・

\end{document}

*1:こういうものを作成してくださるのは,本当に助かります.作成者には頭が下がります.

*2: sudoが必要かも?コピー先は,texmf-localの方が本当は良いかも?

[お知らせ]「学術変革領域研究(B)『シナジー創薬学』」のホームページ

コンテンツの充実はこれからですが,僕が参画している「学術変革領域研究(B)『シナジー創薬学』」のホームページが公開されました!

labo.bio.kyutech.ac.jp

2020目標の振り返りと2021目標(その1)

あけましておめでとうございます.2021年の最初ですので,2020年当初の目標(以後,2020目標)の振り返りと,今年の目標を述べたいと思います.

2020目標の振り返り

2020目標1: 取り掛かっている論文に決着をつけたい

統計的精度評価手法の論文2つは2020年内に書き終えて,2つとも現在投降中です. 投稿してから数ヶ月経っているので,2つともeditorによるスクリーニングは通ってreviwerによる査読中かと思います.

化学物質の毒性予測手法の話で、書きたいと思っていることがあるので、それも論文化したいです。

こちらの部分については,色々考えることや勉強しなくてはならないことがあって,ペンディング中です.

ということで2020目標1については,「化学物質の毒性予測手法の話で,書きたいと思っていることの論文化」は2021年も引き続きの事項です.

2020目標2: 代数学の基本を勉強し直したい

代数学に関しては,2020目標で読破したいと言っていた『代数と数論の基礎』や読みたいと言っていた「雪江明彦先生の代数学シリーズ」については,読破できていません. これらの本以前に,ブルーバックスなど入門の入門的な群論の本をいくつか読んでいる途中です.

ということで2020目標2については,『代数と数論の基礎』や「雪江明彦先生の代数学シリーズ」の読破は2021年も引き続きの事項です. より具体的には,『代数学1群論入門』はまず読破し,その後『代数学2環と体とガロア理論』へ進めれば良いかなと思っています.

2020目標3: 統計学の基本的な事項の証明を抑えたい

  • t検定量がt分布に従うこと
  • χ2乗統計量がχ2乗分布に従うこと

具体的には上の2つですが,「χ2乗統計量がχ2乗分布に従うこと」については証明を理解しました. しかし,まとめがつくれていません. もう一方の「t検定量がt分布に従うこと」については,手付かずです.

ということで2020目標3については,「χ2乗統計量がχ2乗分布に従うこと」の証明のまとめと,「t検定量がt分布に従うこと」の証明の理解は2021年も引き続きの事項です.

2020目標4: トレーニングをしたい

水泳をちょっとやったりしましたが,コロナ禍だったりして途中で辞めてしまいました. トレーニングというと大袈裟ですが,2021年は散歩の回数を増やしていきたいと思っています.

2020目標(追加部分): (離散)Morse理論とパーシステントホモロジー群の勉強をしたい。

あまり進んでいないです・・・.離散Morse理論については,User's guideを読んだり,関連文献をあさってみたりしましたが,表面的な理解に留まっています. 既存研究をベースに,何か自分で生み出すというレベルにはまったくなっていません.

2021年は,Morse理論と連続最適化問題,離散Morse理論と離散(組合せ)最適化問題との関連を整理したいと思っています. Morse理論と(計画数学分野での)最適化問題とは,両方とも臨界点・臨界値*1を扱う学問であるのに,どうも別路線で発展してきている感じがしています. 関連して,最近arXivに面白そうな論文が出ていたので,その内容を理解したいとも思っています.

2021目標

2020目標の振り返りをしつつ少しは2021目標も述べましたが,記事も長くなってしまったので,明日以降の更新で2021目標はまとめておきたいと思います.

それでは2021年もどうぞよろしくお願いいたします.

代数と数論の基礎 (共立講座 21世紀の数学)

代数と数論の基礎 (共立講座 21世紀の数学)

代数学1 群論入門 (代数学シリーズ)

代数学1 群論入門 (代数学シリーズ)

  • 作者:雪江明彦
  • 発売日: 2010/11/01
  • メディア: 単行本(ソフトカバー)

代数学2 環と体とガロア理論

代数学2 環と体とガロア理論

  • 作者:雪江 明彦
  • 発売日: 2010/12/07
  • メディア: 単行本(ソフトカバー)

*1:微分が0となる点とその値

spacemacs version28

昨日 brew upgrade を実行したことで、emacs-plusがversion 28にアップデートされました。

しかし、emacs version28より関数 made-coding system が削除されたようで、wanderlustをはじめ色々と不都合が起きています・・・。 いまのところ解決策を見つけられていないし、それを見つける時間もないので、応急処置的にversion 27 を入れ直しました。

brew install emacs-plus@27--with-spacemacs-icon
brew uninstall emacs-plus@28

解決策が見つかったら続報を書こうと思います。