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本blogに書かれている内容は、記事を書いた時点での僕の知識や調査によるものです。そのため、僕の不勉強による間違いや勘違いがか書かれていることもあり得ます。記事の内容の真偽について、ご自身できちんと確かめて下さいますようよろしくお願いいたします。また、不適切な表現や間違えについては、ご指摘頂けると助かります。

anaconda3でのアップデートでバグ

僕は、pythonディストリビューションの一つであるanacondaの3系を用いています。 anacondaには、数値計算に必要なパッケージがほとんど含まれていて、とても重宝しています。

しかし、本日、以下のようにアップデートをしたら、ipythonやjupyter notebookでtab補完をしようとするとバグって、カーネルが落ちるという現象に見舞われました。

conda update conda
conda update anaconda
conda update –all

色々いじっているうちに、ipythonが6.0にアップデートされたことが原因のようでした。

(現状のipython 6.0にはバグがあるということ??←かなり不確かです。)

そのため、以下のように、ipythonを5.1にダウングレードしたら無事解決しました!

conda install ipython=5.1

根本的な解決策ではないかもしれませんが、ネットを検索した限りでは、解決策が出てこなかったので、メモしておこうと思います。

ipython 6.0がマイナーバージョンアップしたら、再度、ipythonのバージョンアップをしてみたいと思います。

Mendeley DesktopとDropbox

僕は論文整理にMendeley Desktopを使っています。 Endnoteのようなものですが、無料なのが魅力です。

個人的には、(Endnoteは少ししか使ったことがありませんが)Mendeley Desktopは非常に使いやすいです。 LaTeX使いとしては、bibtex形式でエクスポートできることも、重宝しています。 (Mendeley Desktopの使い方や素晴らしさは、Google先生に聞いて頂ければ、色々な解説記事が出てくるので、ここでは省略します。)

ただ、Mendeley Desktopのライブラリ(論文のPDFファイルを保存しておくフォルダ)をDropbox内にしてから、同期するたびに “unknown error” が出ていました。 エラーが出ていると言っても、同期されてない訳でもないため、なんか気持ち悪いな、、、と思う程度なのですが。

思い立って調べたところ、このブログ記事元の解説ページはこちらのようです。)を参考に設定したら、"unknown error" が出なくなりました。

気持ち悪さが取れたので、メモしておきます。

【論文】Computational Toxicology

今年1月に投稿した論文

Jun-ichi Takeshita, Haruka Nakayama, Yoko Kitsunai, Misako Tanabe, Hitomi Oki, Takamitsu Sasaki, and Kouichi Yoshinari, “Discriminative models using molecular descriptors for predicting increased serum ALT levels in repeated-dose toxicity studies of rats.”

がComputational Toxicologyに、採択されました!

この論文は、ラットの28日間反復投与試験を対象に、肝毒性のマーカーのひとつである血中ALTレベルの上昇の有無を、分子記述子のみで判別するモデルを作った、という内容です。 これは「有害性評価支援システム統合プラットフォーム(HESS)」を使った研究成果の第1報目です。 これから、関連した研究成果をどんどん積み上げていきたいと思います。

まだ著者校正はしていませんが、こちらに、速報が載っています。

【本】池井戸潤『オレたちバブル入行組』『オレたち花のバブル組』

Kindle購入のその後ですが、結論から先に言うと、「購入して大正解でした!」です。

僕の場合は、Kindleで読書するようになってから、読書量が2〜3倍になったと思います。 Kindleを開けば、すぐに前回の続きから読めるようになります。 そのため、中途半端な部分で読書を中断しても、なんら問題ありません。 ということで、読書を開始するための心理的ハードルがかなり下がり、ちょっとしたスキマ時間でも読むことができるようになりました。

さて、Kindleを購入してから、池井戸潤『オレたちバブル入行組』『オレたち花のバブル組』の2つを読みました。 半沢直樹シリーズの第1段と第2段です。

ドラマは、2年くらい前にバンクーバーに出張で行った時の行き帰りの機内で見ました。 その原作が以前から気になっていたので、今回読んでみました。

とてもおもしろかったので、一気に読むことができました。 第3段と第4段も出版されているので、これらも読みたいと思います。

オレたちバブル入行組 (文春文庫)

オレたちバブル入行組 (文春文庫)

オレたち花のバブル組 (文春文庫)

オレたち花のバブル組 (文春文庫)

【本】池井戸潤『不祥事』

買いだめしていた、池井戸潤『不祥事』を、数日前に読み終えました。 『鉄の骨』に比べると、かんり薄い本だったので、さくっと読むことができました。 また、短編集なので、1つ1つの章は違う話なのですが、全体としても1つの大きなストーリーになっているという構成がとても面白かったです。

ところで、これも数日前なのですが、Kindleを購入しました。 しかも、せっかく買うなら良いものをと奮発をして、kindle voyageを購入しました!

まだ、使い始めて数日ですが、かなりいい感じです。 気分的な問題だとは思いますが、隙間時間などに読書を開始するまでの心理的ハードル(負担?)が低くなった気がします。

これから、日本語・英語問わず、どんどん読書をしていきたいと思います。

Kindle Voyage Wi-Fi、電子書籍リーダー

Kindle Voyage Wi-Fi、電子書籍リーダー

【英語で映画】『レッド・ドーン』『サブウェイ123 激突』

英語を聞くことになれるために、かなりたまに、英語で映画を観ています。 Huluにも加入している理由の半分も、英語で映画を観るためです。 しかし、(英語にかぎらず)そもそも映画を観るという習慣が僕にはないため、本当にたまにしか観て来ませんでした。

今年度は、英語で映画を観ることを習慣化することを目標に、週に1本くらいは見たいと思います。 また、何を観たかをあとで自分で確認できるように、ブログに記録を残していきたいと思います。

Huluで観ることができるものはかなりたくさんあります。 どれを観るかで悩みはじめたら、キリがありません。 そこで、当面は「新着」が「おすすめ」に出てくるものから、適用に選んで観ていきたいと思います。

今年度で今日までに観たものは以下の2つです。

ただ、映画とドラマのどちらが良いか(長続きするか)は、現状悩んでいるところです。

【本】池井戸潤『鉄の骨』

やや時間がかかってしまったけど、僕にしては分厚い文庫(600ページ以上)である、池井戸潤『鉄の骨』を読破しました。 簡単に言えば、公共事業をめぐる談合を話題にした作品です。 特に後半の展開は面白く、先が気になりどんどん読めてしまいました。

次こそは、買いだめしてあった『不祥事』を読みたいと思います。

鉄の骨 (講談社文庫)

鉄の骨 (講談社文庫)