本blogに書かれている内容は、記事を書いた時点での僕の知識や調査によるものです。そのため、僕の不勉強による間違いや勘違いがか書かれていることもあり得ます。記事の内容の真偽について、ご自身できちんと確かめて下さいますようよろしくお願いいたします。また、不適切な表現や間違えについては、ご指摘頂けると助かります。

【学会】第6回生命情報学連合大会(IIBMP 2017) その2

少し前ですが、第6回生命情報学連合大会(IIBMP 2017)の企画シンポジウム「一般化学物質の長期毒性評価の計算予測を目指して」で発表してきました。

このシンポジウムは、この大会の中では少し目新しいのか、会場に立ち見が出る盛況ぶりでした。 部屋があまり広くなかったというのもありますが。

僕達のHESSを用いた毒性予測の取り組みについて、初めて計算よりの学会で発表したので、準備したプレゼンスライドが簡単すぎるかと思っていたのですが、そうでもなかったようです。 発表後の質疑応答では、結構、基本的な質問もありました。 生物系出身で計算する人(=バイオインフォマティクスやシステムバイオロジーが専門の方)と、数学出身で計算する人(=僕)とでは、少し観点が異なるのかもしれません。 (もちろん、毒性学会に比べると、計算の中身に関する質問が多かったですが。)

「数学出身で計算する人」、ということを僕の特徴として(!?)、今後も研究をすすめていきたいと思います。 一方で、ちゃんと数学の研究、解析的な研究もやっていきたいです。 (でないと、数学の基礎体力が落ちそうで。。)

【本】永田靖『品質管理のための統計手法』

永田先生が書かれた統計手法に関する本は、非常にわかりやすくかつ、補足などにはかゆいところに手が届く記載があるため、僕は結構好きです。 そのため、永田先生が書かれた本のうち、超入門書である『品質管理のための統計手法』を読んでみました。 仕事の合間に、ちまちま目を通すといった読み方でも1週間ほどで読み終えました。

この本では、以下の事柄について、それぞれ数ページで解説されています。

  • データのまとめ方
  • 確率分布(正規分布
  • 統計的憶測(点推定、区間推定、検定)
  • 実験計画法(分散分析)
  • 多変量解析法(単回帰分析、重回帰分析、判別分析、主成分分析)
  • タグチメソッド(パラメータ設計、MTシステム)

それぞれの手法に関して数ページしか割かれていないため、この本を読んでも統計解析ができるようにはならないと思いますが、まずは伝統的な統計手法について概観したい場合には適した本かと思います。 ただし、タイトルに『品質管理のための』とあるように、例が「品質管理」に関するものです。 そのため、一般的には(他分野の人にとっては)少しマイナーで直感的にわかりにくいものもあります。 また、品質管理特有の話が書かかれている章・節もあります。 しかしながら、統計解析やってみたいけれども、どこから手をつけたらよいか・・・というような方にはオススメできる一冊だと思います。

一方で、わかりやすさを優先しているため、厳密には間違っている記載もあります。 (当然ながら、永田先生が間違って理解している訳ではないです。) 厳密な記載を求める場合は、永田先生が書かれた『入門 統計解析法』で同じ手法の箇所を読むことをオススメします。 こちらの本はタイトルに『入門』とある通り、たしかに各々の事柄について初歩から書かれていますが、最終的にはかなりマニアックなことも書かれています。 『入門 統計解析法』まで、すべて読み通して理解できれば、伝統的な統計解析手法については、かなり詳しくなれると、僕は思います。

品質管理のための統計手法 (日経文庫)

品質管理のための統計手法 (日経文庫)

入門 統計解析法

入門 統計解析法

MacTeX2017

僕のパソコン内のTeX環境は、MacTeX2015をインストールして以来アップデートしていないので、MacTeX2017をインストールしました。 ちなみに、新しいMaxTeXをインストールする際には、パソコンの容量が気にならないのであれば、古い環境(古いMacTeXでインストールされたもの)はアンインストールする必要はないようです。 MacTex FAQのQM.02に書かれています。

MaxTeXのインストールについては、下記のページが参考になります。

【学会】第6回生命情報学連合大会(IIBMP 2017)

ブログをほとんど更新していなく、良くないです。

さて、来週、第6回生命情報学連合大会(IIBMP 2017)のシンポジウムで講演します。講演タイトルは「インビボ毒性試験データベースを利用したラット肝毒性のインシリコ予測手法の開発」です。

初参加の学会なので、聴衆のバックグラウンドがあまりわからず、どういう発表構成にしようか悩み中です。といいつつ、今年の7月の第44回日本毒性学会学術年会のシンポジウムで話した内容を、リバイズする形で発表しようかと考えています。

以下、関連ページです。

第6回生命医薬情報が連合大会(IIBMP 2017) iibmp.info

シンポジウム「一般化学物質の長期毒性評価の計算予測をめざして」 http://iibmp.info/2017/index.php?id=24

【本】加茂将史『生態学と化学物質とリスク評価』

グループの先輩である加茂将史さんが書かれた本『生態学と化学物質とリスク評価』が、共立出版より7月に発売されます! 私も事前に原稿を読ませて頂き、少しコメントもさせていただきました。

タイトルに『生態学』とありますが、前半部分は化学物質のリスク評価の世界に入門しようという方にもおすすめです。 一方、後半はややマニアック(?)になり、加茂さんの最新の研究テーマや成果について解説されています。ちなみに、僕の研究も少し紹介されています。

そんなに量もなく読みやすいので、化学物質のリスク評価に入門したい方や、化学物質のリスク評価研究(の一部)を概観したい方におすすめです。

生態学と化学物質とリスク評価

生態学と化学物質とリスク評価

【本】山中伸弥、緑慎也 『山中伸弥先生に、人生とiPS細胞について聞いてみた』

本書は面白くて、一気に読み終えてしまいました。山中教授の色々考えてきたことを学べるだけではなく、分子生物学の基礎的な部分も、例え話を使って平易に説明されています。分子生物学について初心者である私には、大変勉強になりました。

本書内で以下の言葉が印象に残りました。(順不同です。)

  • 「先生の言うことはあまり信じてはならない。」 これは、僕が博士課程のときの指導教員にも言われました。私の指導教員は、「研究者になるには、自分のテーマについては一番にならないとダメで、指導教員も抜かないと一人前にはなれない。」ということで仰られていました。そのことを、思い出しました。初心に返れた気がします。

  • 「VWが重要である。」 VはVision(長期目標)、WはWork hard(ハークハード)を意味すします。良い研究をするには、どちらがかけてもダメということです。日本人は往々にして「W」は特異だけでど、 「V」が欠けがちであると書かれていて、なるほど、と思いました。

  • 人間万事塞翁が馬。」 山中教授が好きな言葉とのことです。

  • 阿倍野の犬実験はするな。」 誰かの二番煎じ、三番煎じの研究はするなという意味です。研究者としては当たり前なのですが、目先の業績(論文数)などばかりに目がいってしまうと、二番煎じ、三番煎じに陥りがちです。たまには、自分の研究がそうなっていないか、客観的な視点で確認していきたいです。

研究者を目指す方々にもおすすめです!

anaconda3でのアップデートでバグ

僕は、pythonディストリビューションの一つであるanacondaの3系を用いています。 anacondaには、数値計算に必要なパッケージがほとんど含まれていて、とても重宝しています。

しかし、本日、以下のようにアップデートをしたら、ipythonやjupyter notebookでtab補完をしようとするとバグって、カーネルが落ちるという現象に見舞われました。

conda update conda
conda update anaconda
conda update –all

色々いじっているうちに、ipythonが6.0にアップデートされたことが原因のようでした。

(現状のipython 6.0にはバグがあるということ??←かなり不確かです。)

そのため、以下のように、ipythonを5.1にダウングレードしたら無事解決しました!

conda install ipython=5.1

根本的な解決策ではないかもしれませんが、ネットを検索した限りでは、解決策が出てこなかったので、メモしておこうと思います。

ipython 6.0がマイナーバージョンアップしたら、再度、ipythonのバージョンアップをしてみたいと思います。