本blogに書かれている内容は、記事を書いた時点での僕の知識や調査によるものです。そのため、僕の不勉強による間違いや勘違いがか書かれていることもあり得ます。記事の内容の真偽について、ご自身できちんと確かめて下さいますようよろしくお願いいたします。また、不適切な表現や間違えについては、ご指摘頂けると助かります。

【本】加茂将史『生態学と化学物質とリスク評価』

グループの先輩である加茂将史さんが書かれた本『生態学と化学物質とリスク評価』が、共立出版より7月に発売されます! 私も事前に原稿を読ませて頂き、少しコメントもさせていただきました。

タイトルに『生態学』とありますが、前半部分は化学物質のリスク評価の世界に入門しようという方にもおすすめです。 一方、後半はややマニアック(?)になり、加茂さんの最新の研究テーマや成果について解説されています。ちなみに、僕の研究も少し紹介されています。

そんなに量もなく読みやすいので、化学物質のリスク評価に入門したい方や、化学物質のリスク評価研究(の一部)を概観したい方におすすめです。

生態学と化学物質とリスク評価

生態学と化学物質とリスク評価

【本】山中伸弥、緑慎也 『山中伸弥先生に、人生とiPS細胞について聞いてみた』

本書は面白くて、一気に読み終えてしまいました。山中教授の色々考えてきたことを学べるだけではなく、分子生物学の基礎的な部分も、例え話を使って平易に説明されています。分子生物学について初心者である私には、大変勉強になりました。

本書内で以下の言葉が印象に残りました。(順不同です。)

  • 「先生の言うことはあまり信じてはならない。」 これは、僕が博士課程のときの指導教員にも言われました。私の指導教員は、「研究者になるには、自分のテーマについては一番にならないとダメで、指導教員も抜かないと一人前にはなれない。」ということで仰られていました。そのことを、思い出しました。初心に返れた気がします。

  • 「VWが重要である。」 VはVision(長期目標)、WはWork hard(ハークハード)を意味すします。良い研究をするには、どちらがかけてもダメということです。日本人は往々にして「W」は特異だけでど、 「V」が欠けがちであると書かれていて、なるほど、と思いました。

  • 人間万事塞翁が馬。」 山中教授が好きな言葉とのことです。

  • 阿倍野の犬実験はするな。」 誰かの二番煎じ、三番煎じの研究はするなという意味です。研究者としては当たり前なのですが、目先の業績(論文数)などばかりに目がいってしまうと、二番煎じ、三番煎じに陥りがちです。たまには、自分の研究がそうなっていないか、客観的な視点で確認していきたいです。

研究者を目指す方々にもおすすめです!

anaconda3でのアップデートでバグ

僕は、pythonディストリビューションの一つであるanacondaの3系を用いています。 anacondaには、数値計算に必要なパッケージがほとんど含まれていて、とても重宝しています。

しかし、本日、以下のようにアップデートをしたら、ipythonやjupyter notebookでtab補完をしようとするとバグって、カーネルが落ちるという現象に見舞われました。

conda update conda
conda update anaconda
conda update –all

色々いじっているうちに、ipythonが6.0にアップデートされたことが原因のようでした。

(現状のipython 6.0にはバグがあるということ??←かなり不確かです。)

そのため、以下のように、ipythonを5.1にダウングレードしたら無事解決しました!

conda install ipython=5.1

根本的な解決策ではないかもしれませんが、ネットを検索した限りでは、解決策が出てこなかったので、メモしておこうと思います。

ipython 6.0がマイナーバージョンアップしたら、再度、ipythonのバージョンアップをしてみたいと思います。

Mendeley DesktopとDropbox

僕は論文整理にMendeley Desktopを使っています。 Endnoteのようなものですが、無料なのが魅力です。

個人的には、(Endnoteは少ししか使ったことがありませんが)Mendeley Desktopは非常に使いやすいです。 LaTeX使いとしては、bibtex形式でエクスポートできることも、重宝しています。 (Mendeley Desktopの使い方や素晴らしさは、Google先生に聞いて頂ければ、色々な解説記事が出てくるので、ここでは省略します。)

ただ、Mendeley Desktopのライブラリ(論文のPDFファイルを保存しておくフォルダ)をDropbox内にしてから、同期するたびに “unknown error” が出ていました。 エラーが出ていると言っても、同期されてない訳でもないため、なんか気持ち悪いな、、、と思う程度なのですが。

思い立って調べたところ、このブログ記事元の解説ページはこちらのようです。)を参考に設定したら、"unknown error" が出なくなりました。

気持ち悪さが取れたので、メモしておきます。

【論文】Computational Toxicology

今年1月に投稿した論文

Jun-ichi Takeshita, Haruka Nakayama, Yoko Kitsunai, Misako Tanabe, Hitomi Oki, Takamitsu Sasaki, and Kouichi Yoshinari, “Discriminative models using molecular descriptors for predicting increased serum ALT levels in repeated-dose toxicity studies of rats.”

がComputational Toxicologyに、採択されました!

この論文は、ラットの28日間反復投与試験を対象に、肝毒性のマーカーのひとつである血中ALTレベルの上昇の有無を、分子記述子のみで判別するモデルを作った、という内容です。 これは「有害性評価支援システム統合プラットフォーム(HESS)」を使った研究成果の第1報目です。 これから、関連した研究成果をどんどん積み上げていきたいと思います。

まだ著者校正はしていませんが、こちらに、速報が載っています。

【本】池井戸潤『オレたちバブル入行組』『オレたち花のバブル組』

Kindle購入のその後ですが、結論から先に言うと、「購入して大正解でした!」です。

僕の場合は、Kindleで読書するようになってから、読書量が2〜3倍になったと思います。 Kindleを開けば、すぐに前回の続きから読めるようになります。 そのため、中途半端な部分で読書を中断しても、なんら問題ありません。 ということで、読書を開始するための心理的ハードルがかなり下がり、ちょっとしたスキマ時間でも読むことができるようになりました。

さて、Kindleを購入してから、池井戸潤『オレたちバブル入行組』『オレたち花のバブル組』の2つを読みました。 半沢直樹シリーズの第1段と第2段です。

ドラマは、2年くらい前にバンクーバーに出張で行った時の行き帰りの機内で見ました。 その原作が以前から気になっていたので、今回読んでみました。

とてもおもしろかったので、一気に読むことができました。 第3段と第4段も出版されているので、これらも読みたいと思います。

オレたちバブル入行組 (文春文庫)

オレたちバブル入行組 (文春文庫)

オレたち花のバブル組 (文春文庫)

オレたち花のバブル組 (文春文庫)

【本】池井戸潤『不祥事』

買いだめしていた、池井戸潤『不祥事』を、数日前に読み終えました。 『鉄の骨』に比べると、かんり薄い本だったので、さくっと読むことができました。 また、短編集なので、1つ1つの章は違う話なのですが、全体としても1つの大きなストーリーになっているという構成がとても面白かったです。

ところで、これも数日前なのですが、Kindleを購入しました。 しかも、せっかく買うなら良いものをと奮発をして、kindle voyageを購入しました!

まだ、使い始めて数日ですが、かなりいい感じです。 気分的な問題だとは思いますが、隙間時間などに読書を開始するまでの心理的ハードル(負担?)が低くなった気がします。

これから、日本語・英語問わず、どんどん読書をしていきたいと思います。

Kindle Voyage Wi-Fi、電子書籍リーダー

Kindle Voyage Wi-Fi、電子書籍リーダー